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増養殖研究所は、南勢庁舎（本所）、玉城庁舎、上浦庁舎、南伊豆庁舎、志布志庁舎の5場所で構成されています。
- 南勢庁舎（本所）
魚病研究センター
免疫グループ
魚病診断・研修センター
魚病診断グループ
育種研究センター
ゲノム育種グループ 育種基盤グループ
養殖システム研究センター
飼餌料グループ
ウナギ種苗量産研究センター
量産基盤グループ - 玉城庁舎
魚病研究センター
病原体グループ
魚病診断・研修センター
魚病診断グループ
育種研究センター
ゲノム育種グループ 育種基盤グループ
養殖システム研究センター
飼餌料グループ - 上浦庁舎
魚病研究センター
感染制御グループ
育種研究センター
育種基盤グループ 系統開発グループ - 南伊豆庁舎
ウナギ種苗量産研究センター
量産実証グループ - 志布志庁舎
ウナギ種苗量産研究センター
量産基盤グループ